Th1-patogeenit voidaan karkeasti jakaa kahteen ryhmään: loisiin ja bakteereihin. Tyypillistä näille on että saavat aikaiseksi voimakkaan Th1-vasteen, johon liitty gamma-interferoni. Th1-bakteerit ovat pieniä bakteereja jotka voivat elää solujen sisällä tai biofilmeissä, loiset voivat samalla tavalla elää solujen sisällä.
Bakteereiden osalta, niitä voidaan kutsua myös L-muodoiksi (L-forms), tai CWD (Cell Wall Deficient) bakteereiksi. Klassiset bakteerit voivat muuntua L-muodoiksi, jolloin jokaisen akuutin bakteeritartunnan jäljiltä voi elimistöön jäädä näitten bakteerien L-muotoja. Tämä selittää osaltaan sen, miksi joidenkin Th1-sairaus puhkeaa akuutin tulehduksen jälkeen.
Jotkut bakteerit muistuttavat Th1-bakteereita, mutta niillä ei tarkkaan ottaen ole kaikkia näitä ominaisuuksia; esimerkiksi keuhkoklamydia on jonkinlainen risteytys viruksen ja bakteerin välillä, ja sillä on soluseinä, mutta pystyy kuitenkin elämään solujen sisällä, ja käyttämään niitä hyväkseen parasiittisesti lisääntymiseen. Kutsumme myös näitä bakteereja Th1-bakteereiksi, vaikka niillä ei ole L-muotoja, koska nekin pystyvät aiheuttamaan kroonisia sairauksia, ja ovat myös solunsisäisiä.
CWD-bakteerilajeja on monta, nykyisen arvion mukaan yli 50. Koot vaihtelevat niin pienestä kuin 20 nm (nanometriä) aina reilusti yli 200 nm:iin asti. Nämä bakteerit ovat yleensä niin pieniä, ettei niitä nähdä tavallisella valomikroskoopilla, vaan siihen tarvitaan elektronimikroskooppi. Näitä bakteereja on myös vaikea kasvattaa elimistön ulkopuolella, ja pieni koko asettaa rajoituksia; nämä bakteerit lisääntyvät yleensä hitaasti.
Monilla bakteereilla on omat L-muotonsa, mutta tällä hetkellä mykobakteerien L-muotoja on tutkittu eniten taudinaiheuttajina.Tavanomaiset antibioottikuurit eivät pure L-muotoihin lainkaan, tai huonosti, vaan näillä antibioottikuureilla pääsee eroon vain bakteerien klassisista muodoista, ja jäljelle jäävät L-muodot.
Marshallin protokollan teorian mukaan Th1-sairauden aiheuttajaksi ei riitä mikään yksi laji, vaan kyseessä on useita mutatoituneita Th1-lajeja , jotka pystyvät välttelemään immuunipuolustusta elämällä mm. immuunipuolustuksen tappajasolujen sisällä ja biofilmeissä, ja häiritsemällä VDR:n toimintaa, tuottamalla D-vitamiini metaboliittia 1,25D:tä. Tätä oletusta kutsutaan Marshallin patogeneesiksi . Tätä teoriaa eivät kuitenkaan tue mitkään havainnot, eli se on pelkkä teoria toistaiseksi.
Uusin tieto on että on olemassa oleellisesti erilaisia Th1-infektiota. Lievemmät krooniset sairaudet voivat aiheutua vain solunsisäistä loisista, kuten toksoplasmoosista, ja hankalammat seka-infektiot jotka koostuvat myös L-muodoista ovat toinen mahdollisuus (ja tämä on Marshallin patogeneesi).
Ihmisessä immuunipuolustus voidaan jakaa Th1:een, ja Th2:een, Th1 on solunsisäisiä patogeenejä vastaan, Th2 on taas solujen ulkopuolisia patogeeneja vastaan. Tästä tulee nimitys Th1-patogeeneille.