Protokollat aloitetaan ensin vähentämällä (mahdollista) EB kuormaa; niitä vastaan suositellaan NACia (2 x 1200 mg) päivässä, tai amoksilliinia. Ensin kokeilu varovaisesti 600 mg NAC annoksella, jos flunssamaisia oireita tulee, niin on edettävä hitaammin NACin kanssa. Amoksilliinilla on kuitenkin varsin paljon haittavaikutuksia, joten se ei enää ole suositeltava.
Mukaan tarvittaessa Ibuprofeeni (2 x 400 mg) päivässä kaikissa vaiheissa kipujen lievittämiseen.
CAP-protokollista on olemassa eri versioita; Wheldonin protokolla on yksinkertaisin, ja se on sen vuoksi suositeltavin protokolla. Strattonin protokolla lisää joitain antibiootteja kuurin lopuksi. Sriramin protokollaa taas emme voi suositella, sillä siinä käytetään heti protokollan alussa voimakkaita antibiootteja, jotka voivat olla vaarallisia maksalle, joten maksaa olisi tarkkailtava hoidon ajan. Itse protokolla ei välttämättä ole silti sen tehokkaampi kuin muutkaan versiot.
Hoidon kesto on sairauden vaikeudesta riippuen noin 3-5 vuotta, mikä on sama kuin Marshallin protokollasta esitetty arvio. Wheldonin ja Strattonin protokollassa tulee myöhemmin siirtyä ajoittaiseen hoitoon, mikä tarkoittaa taukoa antibioottien käytön kanssa noin vuoden, parin kuluttua protokollan aloittamisen jälkeen, kunnes lopulta antibiootit lopetetaan täysin.
Strattonin protokolla alkaa kuin Wheldonin protokolla, mutta lisäksi kuuriin lisätään lopuksi Rifampisiini ja Isoniatsidi alla olevien ohjeiden mukaisesti.
Tässä on graafinen esitys, miten antibiootteja otetaan (months = kuukaudet), mutta yksityiskohdat vaihtelevat henkilöstä toiseen. Tässä siis ajoittainen hoito aloitettiin 12 kuukauden jälkeen:

Lähteet:
http://www.cpnhelp.org/treatment_protocols
http://www.cpnhelp.org/strattonprotocolupdate
http://www.cpnhelp.org/emerging_stratton_protoco
http://www.davidwheldon.co.uk/ms-treatment1.html